La alquimia tuvo su máximo esplendor en el califato de Córdoba, con Abderramán III, un legado que trajo la civilización islámica haciendo puente entre el mundo antiguo y el medioevo. Tras permanecer denostada y condenada a la herejía, Felipe II logró recuperar una gran cantidad de obras y remedios alquímicos en El Escorial.
El museo -en la judería de Córdoba- tiene una colección única de piedras de alquimia, elixires, medicinas y alambiques en perfecto funcionamiento. También cuenta con una biblioteca, espacios para conferencias y un observatorio astronómico.