Diez de los 29 magistrados que componen la Sala de lo Contencioso-Administrativo del Tribunal Supremo han emitido votos particulares al fallo de rechazar la objeción a Educación para la Ciudadanía. Los magistrados discrepantes consideran que los contenidos de esta materia pueden invadir la esfera de la privacidad y de la intimidad.
Además, algunos magistrados han observado que las sentencias del Supremo no resuelven el debate que se ha abierto en la sociedad, y que en el futuro será necesario resolver caso a caso cada vez que los padres reivindiquen el derecho constitucional a elegir la formación religiosa y moral que quieren para sus hijos.
Los magistrados discrepantes asumen que los alumnos deben estudiar la organización de la Unión Europea, los contenidos de las convenciones internacionales y los fundamentos de los principios y valores constitucionales españoles.
El magistrado Juan José González Rivas rechaza por ejemplo en uno de los votos particulares lo que considera una invasión por parte del Estado de la esfera de la privacidad y la intimidad "tratando de descubrir -afirma- las conciencias individuales, los sentimientos, y de utilizar las actitudes, máxime cuando se introducen en el análisis del comportamiento familiar".
Según este magistrado, los reales decretos que regulan la asignatura sobrepasan el ámbito del artículo 27.3 de la Constitución (el que reconoce el derecho de los padres a elegir la formación religiosa y moral que quieren para sus hijos).
A su juicio, esos decretos incurren en una intromisión en la formación de la conciencia de los alumnos, y cita en concreto la autorregulación de sus emociones y sentimientos, "que son rasgos definidores de la personalidad humana, que se insertan claramente en la libertad de conciencia".
Otro magistrado, Manuel Campos Sánchez-Bordona, coincide con la sentencia al estimar que hay un espacio de "valores éticos comunes" y otro "exclusivamente privado" que conforman los planteamientos ideológicos, religiosos y morales individuales.
Este magistrado considera que la sentencia del Supremo, "más que pacificar y resolver de modo definitivo" el debate sobre esta cuestión, puede abrir la puerta a un sinfín de litigios singulares en los que, "caso por caso, centro por centro, texto por texto y explicación por explicación, los padres se vean abocados a reivindicar el derecho que les reconoce la Constitución" a elegir la formación religiosa y moral de sus hijos.