Este III Congreso, también llamado de la primera refundación, se celebró entre el 14 y 16 de diciembre de 1979 en Madrid. En él se ratificó el nombramiento de Fraga como presidente de AP y de Jorge Verstrynge como secretario general.
La cita estuvo precedida de un intenso debate público sobre el modelo presidencial que quería asumir el ex ministro con mayor control sobre el partido.
Fraga fue el encargado de redactar y presentar la ponencia política que, por primera vez, hacía referencia a la "mayoría natural" para agrupar a la derecha frente a UCD. Fraga habló de reconstrucción, renacimiento y refundación.
Finalmente, según recoge la prensa de la época, se quitó la referencia al centro derecha en contra del criterio de Manuel Fraga. Alianza Popular se definió entonces como un partido populista, conservador y reformista.
Unión Nacional Española y Acción Democrática salen de la Federación.